Ненарушенные растительные сообщества заповедника устойчивы к проникновению чужеродных видов.
На южных склонах некоторых районов заповедника сохранились степные участки с ковылем перистым.
На высокогорных лугах встречается многолетний злак – рожь Куприянова, вероятно, дикий предок культурных рожей.
В западной части заповедника верхнюю полосу леса составляют не березы, а буки и рябины.
На одном стволе поваленного бука восточного зарегистрировано более 60 видов лишайников.
Рододендрон Сохадзе - гибрид высокогорного кавказского и лесного понтийского рододендронов.
В заповеднике сохранилось субальпийское высокотравье с уникальным видовым составом.
Голосеменные - наиболее изученная группа растений заповедника, водоросли - практически не исследованы.
На Кавказе не растут эдельвейсы, так как в период их расселения Кавказ был островом в океане Тетис.