Горный рельеф заповедника оказывает дифференцирующее влияние на климатические особенности, физико-географические процессы, и обуславливает высотную зональность ландшафтов. Высотно-зональные типы ландшафтов характеризуются определенным соотношением тепла и влаги, геохимическими особенностями, определенным типом почв и типом растительности. В заповеднике представлен почти полный профиль гумидных высотных природных ландшафтов, характерных для Западного Кавказа.

Рис. Высотно-зональные типы ландшафтов заповедника (С. А. Трепет, 2010).

Горно-лесные ландшафты имеют наибольшее распространение в Кавказском заповеднике в высотном диапазоне 200—1800 м над уровнем моря.

Нижнегорно-лесные ландшафты (фото 28, 24) распространены до 1100 м, здесь преобладают склоны средней крутизны, однако в местах, где реки прорезают известняковые хребты, образуются труднопроходимые каньонообразные ущелья (фото 28). В условиях умеренно континентального климата формируются широколиственные леса (фото 29) с колхидскими элементами. Местами сохранились уникальные чистые буковые естественные леса (фото 30).

Среднегорно-лесные ландшафты (фото 31) располагаются выше нижнегорных. Для них характерен среднегорный рельеф с крутыми и средней крутизны склонами, большее увлажнение в связи с более низкими летними температурами. В этих условиях преобладают буково-пихтовые леса (фото 32).

Высокогорные луговые ландшафты (фото 33) распространены сравнительно нешироко по вертикали в высотных границах 1800—3000 м над уровнем моря. Климат высокогорий очень суровый с длинным периодом существования снежного покрова, который фрагментарно сохраняется до конца августа. Здесь встречаются карстовые формы рельефа.

Субальпийские ландшафты (фото 34) занимают наиболее низкое положение, от 1800 до 2400 м. Для них характерны крутые, часто скалистые склоны, троговые долины, днища и склоны цирков, «бараньи лбы», морены. Растительность этого пояса представлена субальпийским криволесьем верхней границы леса (фото 35), зарослями вечнозеленых кустарников (рододендрона кавказского (фото 36), можжевельника простертого (фото 36-1), лавинным мелколесьем (фото 37), субальпийскими высокотравными (фото 38), среднетравными лугами (фото 38-1) и долгоснежными участками (фото 39). Особенность этого ландшафта – смена ярких аспектов десятков цветущих растений на протяжении нескольких месяцев, пока осенние заморозки не окрасят все в охряные оттенки. Субальпийские ландшафты имеют четкую нижнюю границу и размытые постепенные переходы в альпийские формы высокогорий (фото 39-1).

Альпийский ландшафт простирается на высотах 2400—2800 м. (фото 40 – 42). Условия здесь суровы. Устойчивый снежный покров держится семь месяцев – с октября по июнь. Преобладает рельеф крутых и скалистых склонов древних ледниковых цирков, и троговых долин. Альпийская растительность обликом напоминает тундру. Преобладают низкотравные луга (фото 43), альпийские (фото 44) и лишайниковые пустоши (фото 44-1), альпийские ковры (фото 45, 45-1) и каменистые россыпи (фото 46).

Субнивальные ландшафты представлены фрагментарно, занимают вершины отдельных горных массивов и хребтов выше 2800 м над уровнем моря. Для них типичны крутые скалистые гребни (фото 47), часто с труднодоступными вершинами, распространены ледниковые цирки, морены, скальные выходы (фото 48) и «каменные реки и моря». Это область физического выветривания при низких температурах воздуха, начальных стадий почвообразования (фото 49), несомкнутого растительного покрова, представленного группировками пионерных растений (фото 49-1). Такие группировки формируются среди скал и осыпей (фото 50).

Гляциально-нивальные ландшафты – это ледники. На территории заповедника расположены самые низкие ледники Кавказа (Большой Фиштинский ледник (фото 51) спускается почти до 2700 м над уровнем моря). Почти все они занимают северные склоны (фото 52). Растительность представлена отдельными видами низших растений на скальных выходах, глыбах и моренах. Поэтому обычно говорят об отсутствии здесь почвенно-растительного покрова.

Осуществление охраны природных территорий в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов-одна из главных задача заповедника.

Обустройство нынешней территории заповедника началось задолго до его организации, с 1882 года, когда право пользования Великокняжеской кубанской охотой было приобретено великим князем Сергеем Михайловичем. С этого времени фактически и осуществляется охрана территории, на которой сегодня располагается заповедник. Княжескими тропами и топонимикой пользуются и сегодня.

Охрана территории заповедника началась сразу же с момента его создания в мае 1924 года и была основана на создании по его периметру сети кордонов в местах наиболее вероятного проникновения браконьеров. Местом строительства выбирались долины рек, подъездные дороги. В первое время охрана заповедника осуществлялась с большими сложностями. Немногочисленный штат охраны (17 человек на 2,5 тысячи квадратных километров горных угодий) не мог надежно обеспечить неприкосновенность огромной заповедной территории. Однако уже в 1927 году он увеличился до 44 человек, и в это же время было начато строительство кордонов. В настоящее время заповедник охраняется полноценным структурным подразделением – отделом охраны, в составе которого около 80 государственных инспекторов, сюда входит и оперативная группа, созданная при Управлении заповедника.

Для обеспечения охраны по всей заповедной территории создана развитая охранная инфраструктура, направленная на повышение удобства передвижения и жизнеобеспечения в горных условиях : 16 кордонов и контрольно-пропускных пунктов по периметру заповедника, более 50 домиков и балаганов на его территории, мосты, кладки, более 600 км магистральных троп и дорог противопожарного и охранного назначения.

Интенсивность использования определенных направлений и участков троп различна, и кроме того, зависит от времени года, уровня охраны и других факторов. Наиболее интенсивно используются тропы, соединяющие кордоны Гузерипль и Бабук-аул, Гузерипль и Черноречье - через поляну Сенную, перевал Аспидный и поляну Бурьянистую, а также тропы, проложенные вдоль речных долин Уруштена, Малой Лабы и Киши.

Мосты построены в основном на участках магистральных троп, пересекающих наиболее крупные реки. Они имеются в районах кордонов Умпырь, Киша, в районе Сенной и Бурьянистой полян. Два моста имеются на реке Цахвоа.

Места расположения домиков и балаганов сложились исторически. Как правило, они находятся в точках пересечения основных магистральных троп на расстоянии 10-15 км друг от друга.

Сложившаяся система охраны предполагает постоянное проживание на кордонах инспекторов охраны и членов их семей, а также значительную хозяйственную деятельность, направленную на обеспечение жизнедеятельности сотрудников, содержание домашнего хозяйства.

В задачи инспекторского состава входит патрулирование заповедной территории. Кроме того, госинспекторы проводят наблюдения за природой, осуществляют плановые биотехнические и хозяйственные работы, сопровождают в случае необходимости научных сотрудников во время полевых работ.

В заповеднике исторически сложились и применяются следующие методы охраны: конные и пешие обходы, засады, дежурство в дневное и ночное время, патрулирование территории. Эффективность применяемых методов охраны зависит от совокупного влияния многих факторов, главные из которых: регулярность охранных рейдов, степень технической оснащенности, а также компетентность и опытность сотрудников.

Отдел охраны обеспечен форменным обмундированием, служебным оружием, специальными средствами, КВ и УКВ-связью, носимыми и мобильными радиостанциями, лошадьми под седло, автотранспортом. Нередко для охранной работы используются вертолеты. Лесная охранная инфраструктура создается силами самих работников отдела охраны. Так, за 15 последних лет ими было построено или восстановлено около 25 лесных домиков, сторожек, балаганов, около 15 мостов и кладок. Ежегодно проводится расчистка и ремонт магистральных троп и дорог охранного назначения, восстанавливаются на местности границы заповедника.

В результате охранной работы только за период с 2000 по 2017 годы сотрудниками государственной инспекции Кавказского заповедника было выявлено 168 случаев нарушения заповедного режима, выразившихся в нахождении на территории с огнестрельным оружием, а также выявлены многочисленные факты незаконного нахождения на территории заповедника, ловли рыбы, сбора дикоросов и нарушения почвенного покрова.

Главным показателем качества охраны заповедника все же является сохранность его природных комплексов. При этом универсальным индикатором антропогенной нагрузки является численность крупных млекопитающих. Популяции зубра, оленя, серны, тура и медведя после кризиса 90-х годов XX века находились на грани исчезновения. Однако в условиях охраны за последние 20 лет их численность на заповедной территории восстановилась и значительно увеличилась.